Selama masa pendudukan Jepang (1942) kebaktian diadakan di Jalan Tobongan (didepan Kantor Telekomunikasi) yang dipimpin oleh Liem Sang Loen dari “Gereja Kabar Selamet”. Kemudian antara tahun 1947-1949 saat perang kemerdekaan, karena situasi keamanan tidak menentu, maka kegiatan-kegiatan gereja terhenti.

Pada tahun 1950 kegiatan-kegiatan gereja dimulai kembali dan dilayani oleh Pendeta Liem Ek Tjiang (Irawan T. Salim) dari jemaat Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee/THKTKH (sekarang GKI Temanggung). Tahun itu juga “Parakan” dijadikan Pos PI. Setelah Pendeta Liem Ek Tjiang menerima panggilan jemaat GKI Blora (31 Maret 1952) pelayanan dilanjutkan oleh guru jemaat Oh Tjie Hap (Hadi Nugroho), yang selanjutnya ditahbiskan sebagai Pendeta GKI Temanggung pada tanggal 10 Nopember 1953.

Pada tahun 1956 dibentuklah Panitia GKI Parakan, yang terdiri dari Pdt. Hadi Nugroho, The Thoan Kie dan Tan Hong Kiem serta beberapa warga jemaat yang lain. Kebaktian dilaksanakan dengan menggunakan gudang pinjaman dari Bapak Tjiong Thiam Lik, yang bertempat di jalan Ngadirejo. Tidak beberapa lama kemudian berhasillah dibangun sebuah gedung sekolah Taman Kanak-Kanak. Dengan didirikannya Sekolah Taman Kanak-Kanak ini pada tanggal 1 Agustus 1953 yang bernama Sekolah Kie Tok Kauw Hwee (sekarang sekolah Masehi), seluruh kegiatan ibadah diadakan di sekolah tersebut. Sekolah ini terus berkembang dengan ditambahkannya kelas-kelas untuk tingkat Sekolah Rakyat (sekarang SD Masehi). Hubungan sekolah ini yang dikepalai oleh Liem Thiam Ik dengan gereja berlangsung dengan harmonis, sehingga sekolah dan gereja bekerjasama saling melayani.

Tahun-tahun berikutnya, dalam rentang waktu tahun 1965-1984 jemaat Parakan berkali-kali mengalami pergantian para pelayan Tuhan. Pergantian itu disebabkan alasan “alamiah” (kesehatan dan pindah tempat pelayanan) dan alasan “prinsipiil” (masalah pengajaran). Namun walaupun sering mengalami pergantian para pelayan Tuhan, eksistensi jemaat tidaklah pudar, sebaliknya diuji kemandiriannya dan kedewasaannya. Maka pada tanggal 3 Juni 1968 bertepatan dengan hari Pentakosta, diadakanlah Kebaktian Pendewasaan Jemaat GKI Parakan dan peletakan batu pertama gedung gereja di Jalan Gambiran oleh Pdt. Hadi Nugroho

Adapun para pelayan Tuhan yang pernah melayani dalam rentang waktu tersebut antara lain:

• Khoe Kian Bo (Pdt J.S. Kristsuana) pada tanggal 1 Oktober 1965 – 27 Oktober 1967 (pindah GKI Kutoarjo). Pada masa ini kesadaran dan kerinduan anggota jemaat untuk memiliki sebuah gedung gereja mulai bertumbuh, dan direalisasikan dengan dibangunnya sebuah gedung gereja di Jl. Gambiran.
• Ong Pik Tjoan (Rev. Barnabas Ong) pada tanggal 1 Mei 1971 – 1975 (pindah ke luar negeri). Pada masa ini Rev. Barnabas Ong memrakarsai terbentukan gerakan oikumene, yang sekarang dikenal dengan nama Persekutuan Umat Kristen Parakan (PUKP), yang anggotanya terdiri dari GKI Parakan, GKJ Parakan, GPdI Parakan, dan gereja Katolik Parakan.
• Yusak Naftali (Oh Tjeng Hwat) tahun 1975 (pindah pada tahun itu juga karena alasan kesehatan)
• Joko Sugiarto pada tahun 1976 – 2 September 1979 (pindah ke Jemaat GKI Residen Sudirman Surabaya)
• Eko Pudjiono, 1 Maret 1981 -21 Agustus 1984 (diuraikan jabatan kependetaannya karena masalah “pengajaran” berdasarkan keputusan Persidangan Tertutup Klasis Khusus II GKI Klasis Magelang di GKI Temanggung artikel 58). Adapun pengajaran yang menjadi penyebab sehingga diuraikannya jabatan kependetaan Bapak Eko Pudjiono adalah masalah pengajaran okultisme (pengusiran setan) dan eskatologi. (akhir zaman).
• Iman Santoso, Maret 1986 dan ditahbiskan menjadi pendeta GKI Parakan pada tanggal 25 Juni 1987. Pada masa pelayanan beliau, dibangun dan diresmikan gedung gereja di Jl. Bambu Runcing 19 tanggal 25 Desember 1997 Kemudian beliau dipanggil melayani di jemaat GKI Jendral Sudirman Salatiga pada tanggal 25 Mei 1998.

Setelah mengalami kekosongan jabatan pendeta selama empat tahun, maka mulai tanggal 1 April 2002 hingga sekarang (2016), pelayanan dilanjutkan oleh Pendeta Yusak Rimanto. Dan dengan berkat dan pertolongan Tuhan, kegiatan-kegiatan gerejawi dapat berjalan dengan baik dan keberadaan GKI Parakan semakin dapat dirasakan manfaatnya oleh masyarakat di Parakan. Perubahan nama sekolah KB-TK-SD-SMP Masehi Parakan menjadi KBK-TKK-SDK-SMPK Krista Citra Parakan berdasarkan Surat Keterangan Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Temanggung Nomor 420/3186/2016 dan Nomor 420/2959/2016 tanggal 30 Agustus 2016.